Els òrgans de govern de la Federació son l’Assemblea General de Centres i el Consell permanent.
Assemblea General de Centres
L’Assemblea es l’òrgan sobirà de l’entitat. Les seves decisions vinculen el Consell permanent i els centres Federats.
Participen a l’Assemblea 3 representants de cada Centre Juvenil i el Consell permanent. Aquesta es reuneix una vegada l’any amb carácter ordinari, i amb carácter extraordinari tantes vegades com la convoqui el consell permanent.
Consell Permanent
El consell permanent és l’òrgan executiu i representatiu de la Federació, i actua per delegació de l’Assemblea.
Està format per sis membres: tres d’aquests son voluntaris i voluntàries dels Centres Juvenils i els altres tres, son representants de Salesianes, Salesians i Salesians cooperadors.
Es reuneix ordinàriament un cop al mes, i sempre que siguin necessàries més reunions es convoquen de forma extraordinària.
